I april måned 2016 offentliggjorde Miljøministeren 2. generations Natura2000 planer for 252 naturområder. Statens natura2000 planer 2016-21 beskriver målsætningerne for naturen og hvilken indsats der skal til for at forbedre natur- og miljøtilstanden i områderne. Natura2000 planerne 2016-2021 har fokus på:
- Sikring af naturpleje
- færdiggørelse og sikring af indsats fra planperioden 2009-2015
- Sammenhæng i naturen
- Levesteder for ynglefugle og bekæmpelse af invasive arter
Kommunerne har udarbejdet naturhandleplaner, der beskriver, hvordan Natura 2000-planerne vil blive realiseret inden for kommunens geografiske områder. Kommunen skal efterfølgende sikre, at handleplanerne gennemføres.
De kommunale naturhandleplaner for 1. planperiode 2009-2015 blev vedtaget i 2012.
Handleplan for Natura 2000 område nr. 28, Agger Tange, Nissum Bredning, Skibsted Fjord og Agerø
Handleplan for Natura 2000 område nr. 65, Nissum Fjord
Handleplan for Natura 2000 område nr. 224, Flynder Å og heder i Klosterhede Plantage